中国科大研究生院成立于1978年，是经批准创办的中国首个研究生院。1981年，学校被批准为首批博士、硕士学位授予单位。1983年，在人民大会堂举行的我国首批18名博士学位授予仪式中，有6名来自中国科大。1978年恢复研究生招生至2021年7月，学校累计已授予博士学位15569名，学术硕士学位20931名，专业硕士学位25271名。截至2021年6月，在学博士研究生6522人，全日制学术型硕士研究生5620人，全日制专业学位硕士研究生5540人，非全日制专业学位硕士1797人，中科院代培研究生844人。