事业单位内部劳动合同制和编制的主要区别在于工资来源和福利待遇。正式编制人员的工资由财政拨款解决，福利待遇按规定执行；合同制人员的工资由单位预算外收入解决，福利待遇参照正式编制人员标准执行。法律分析；事业单位内部劳动合同制和编制区别如下：1、工资开支来源不同：正式编制人员工资由财政拨款解决，合同制人员工资由单位预算外收入中解决。2、福利待遇：正式编制人员的福利待遇按规定及上级部门规定执行，合同制人员参照正式编人员标准执行。等等。拓展延伸；事业单位编制合同制工人和非编制合同制工人的权益和待遇差异。