农村宅基地使用权人与他人合资建房后发生的房屋产权纠纷，因涉及宅基地使用权，处理时应先征求土地管理部门的意见，如主管部门批准双方共同使用宅基地的，可以判决明确各自的房屋产权；如主管部门不批准双方共同使用该宅基地的，可以明确对房屋各自的份额后，判决房屋产权给有宅基地使用权的人。法律依据。《中华人民共和国土地管理法》 第四十四条 建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。永久基本农田转为建设用地的，由批准。