医保断缴三个月账户里面的余额是不会清零的，只是无法享受医保待遇。医保断缴下个月就不能享受医保保障了，断缴三个月后再续缴的话，会有一个等待期，而且缴费年限会重新计算，但是个人账户里面的钱是不会清零的。医保断缴三个月医疗保险的缴纳年限清零，而不是个人账户清零，因为医保的报销是根据连续缴费年限来算的，连续缴费年限越长，报销的越多，若是断缴三个月的医保，你的缴费年限清零，后续报销的话，力度就没有那么大了。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》。第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。