农村合作医疗退费流程如下：1、退保人要写一份退保申请，写明退保的原因，并附带相关材料，如升学、招工、户口迁移等材料，到乡管理机构办理手续。2、乡管理机构要对其有关证明审核，并签署意见，与申请退保者的缴费证、缴费记录卡一起上报县级保险机构。县级保险机构要再次对上报来的材料进行审核，对符合退保条件者，要为其核算退还的保险金数额。