农村合作社有补贴的，具体如下：1、国家给予农业企业或合作社贷款补贴、购机补贴、种粮补贴及农资综合补贴等。2、种粮直补、农资综合补贴、生猪标准化规模养殖场（小区）建设、农业保险补贴、粮食最低收购、退耕还林补贴、草原生态保护补助等等。3、土地流转优惠：全国很多地区对合作社土地流转有补贴，比如浙江新昌县对流转土地种植水稻20亩（蔬菜30亩、其他50亩）以上给予经营业主和流出户一次性奖励每亩150元。4、税收优惠：一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣进项税额。农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，免征；合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征等。