农村违章建筑的补偿以宅基地使用权证书或建设用地使用权证书、国土部门房屋测绘数据为基础计算的拆迁补偿数额，具体根据我国现行法律和实际情况而定。一、土地不确权会怎么处理。土地不确权具体处理如下：如因土地纠纷、纠纷等问题导致土地未能确认登记，纠纷解决后可进行确认登记。但是，如果存在以下三种情况，将不予确认，土地将被收回。1、未经许可开荒的土地。目前，农村土地复垦主要分为许可土地复垦和未经许可土地复垦，主要基于土地复垦时是否取得农村集体组织或当地部门的许可。许可土地复垦的土地将与承包土地一样确认登记。未经许可开荒的土地，不予确认，原则上交给开荒者继续使用。农村集体组织有其他规划的，将收回其使用权。2、非法占用耕地，基本农田作为宅基地建房。