医保和合作医疗的区别如下：1、所覆盖的对象不同，新型农村合作医疗只有农民才可以参加，而且是必须以家庭为单位整户参加，国家实施这个，目的是解决农民因病致贫、因病返贫，缓解农民的经济压力，保障农民基本卫生服务。城镇职工基本医疗保险是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度；而且规定了乡镇企业以及职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员也要纳入基本医疗保险范围内。