《宫锁沉香》皇上之所以杀了琉璃，是因为她为了洗脱自己的罪行向皇帝举报九阿哥，在发现皇帝不相信自己后，又想以秘密和十三阿哥交换，让他送自己出宫，皇帝觉得琉璃十分恶毒，不想放过她，于是便让人用箭射死了她。