非法占地由县级以上自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。违法建筑由县级以上地方城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。由于我国现代城乡规划管理和不动产登记制度建立时间不长，许多城市房屋的登记手续不一定健全。“法不溯及既往”原则，对拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋，应依规现行有关法律法规补办手续。对不明确但确属合理要求的，要抓紧制定相应的，尽量早日解决；不能及时解决的，也应和被征收人详细说明，争取理解。违法占用的土地为农用地的，责令退还土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的。