法律分析。是有效的，双方之间的医疗纠纷协议书系双方真实意思，内容也未违反国家法律强制性，具有法律效力，双方应当遵守。法律依据。《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行规的强制性，不违背公序良俗。