公司被员工申请劳动仲裁不会影响其证信力，也不会被列入黑名单或受到任何处理。最多，上级主管机关可能会建议公司加强管理和改进公司的约束机制建设，以构建和谐的劳资关系。劳动仲裁是解决劳动纠纷的一种法定方式，被申请是法定的权利与程序义务。发生劳动仲裁后，公司除了给付员工拖欠的工资以外，还要负担相应的赔偿，如经济补偿金、赔偿金、双倍工资等等，承担费用支出。劳动仲裁对公司并没有多大的影响。法律分析；公司即使被员工申请劳动仲裁，也不会影响其证信力，也不意味着公司存在违法或不良行为，因此不会被列入黑名单或受到任何处理。最多，上级主管机关可能会建议公司加强管理和改进公司的约束机制建设，以构建和谐的劳资关系。申请劳动仲裁是解决劳动纠纷的一种法定方式，公司被员工申请劳动仲裁是其合法权利和程序义务。