劳动者违反保密协议，给公司造成损失的，一般按照给公司造成的实际损失进行赔偿。《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条用人单位和劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和知识产权相关的保密事项。对于有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业条款，并约定劳动者解除或者终止劳动合同后，在竞业期内按月给予经济补偿。劳动者违反竞业的，应当按照约定向用人单位支付违约金。第九十条劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同约定的保密义务或者竞业，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。