公司清算有两种情形，一种是破产清算，另一种是解散清算，无论哪一种清算都需要对债务进行清算，清偿债务是有一定清偿顺序的，那么公司清算时亏损股东投入的资本怎么处理。公司清算时亏损股东投入的资本如何处理。依据公司法的规定，公司进行解散清算的时候，如果资产不能清偿债务的，应该宣告破产，如果资产大于债务的，剩余的资产按持股比例分配给股东。《中华人民共和国公司法》。第一百八十六条清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。