1.公诉机关指控被告人侵犯商业秘密的举证难。这种举证难主要表现在两个方面：一方面表现为权利人的不配合。往往权利人对其拥有的商业秘密不愿提供作为证据，更不愿将技术信息送关相关部门进行鉴定，这就造成行为人侵犯商业秘密证据上存在问题。2.对行为人泄露的信息是否属商业秘密的鉴定问题。