非法制造危险物质罪的立案标准是：1、造成人员重伤或者死亡的。2、造成直接经济损失十万元以上的。3、造成急性中毒、放射性疾病或者造成传染病流行、暴发的。4、造成严重环境污染的。5、其他危害公共安全的情形。法律依据：《最高人民、关于机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第二条非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：（一）造成人员重伤或者死亡的。（二）造成直接经济损失十万元以上的。（三）非法制造、买卖、运输、储存毒鼠强、氟乙酰胺、氟乙酰钠、毒鼠硅、甘氟原粉、原液、制剂五十克以上，或者饵料二千克以上的。（四）造成急性中毒、放射性疾病或者造成传染病流行、暴发的。（五）造成严重环境污染的。