违法。劳动者在公司辞职，而且按公司规定，办理离职手续和工作交接，但公司克扣工资，那么违反劳动合同法规定，劳动者可以反映到劳动局解决，申请赔偿。提成工资制即将企业盈利按照一定的比例在企业和员工之间分成的方式，这种方式具有一定的激励性。实行提成制首先要确定合适的提成指标，一般是按照业务量或销售额提成，即多卖多得。根据《劳动合同法实施条例》第二十七条规定：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。故应当是应发工资。劳动者的以下劳动收入不列入经济补偿金基数的范围。