电子承兑汇票背书转让主要操作流程主要包括客户、开户行、人民银行电子承兑汇票系统，每个行为步骤都包括行为申请和行为回复这两个动作。根据网络搜集资料显示，电子承兑汇票背书转让的大概流程是这样的，分六步。1、承兑汇票背书人通过网上银行、银行柜台或其他电子终端登录，录入背书申请信息，使用背书人的数字证书加盖电子签名。2、开户行审核背书人电子签名，通过后组成背书业务申请报文，使用开户行的数字证书加盖电子签名，并发给人民银行的电子商业汇票系统。3、人民银行的电子商业汇票系统完成开户行电子签名是否准确有效、背书人是否是票据的持有人等审核后，将申请报文转发至被背书人开户行的接入系统。