医疗事故纠纷处理程序包括三个步骤。首先，到医院进行检查以确认是否存在医疗事故，并找到其原因并进行治疗，同时留下必要的证据。如果确实存在医疗事故，可以向医院内的专门科室投诉。其次，如果医院被确认存在医疗事故，可以向当地卫生部门申请医疗事故鉴定。这是医疗事故纠纷处理程序中的两个关键步骤。法律分析；医疗事故的纠纷处理程序为：第一，首先到医院进行检查，确认是不是存在医疗事故，找到原因并进行治疗，留下必要的证据。第二，确认医院存在医疗事故的话，可以向医院里面专门的科室进行投诉。第三，可以向当地卫生部门申请医疗事故鉴定。拓展延伸；医疗事故鉴定申请流程。