蕃茄丸子汤和菌可以一起煮，但要注意两者的煮制时间和火候。一般来说，可以先将蕃茄丸子汤煮至丸子熟透，然后再加入菌类煮煮熟即可。这样可以保持丸子的口感和味道，也能让菌类充分煮熟。