别墅小院不能种菜的原因是：别墅里的土壤比较差，不适合种菜，另外种植蔬菜会招蚊虫，喷洒农药、施肥带来的异味、污染等影响了其他业主的合法权益，也可能会侵犯其他业主的相邻权。如果居住区域的气候条件不适合，种植蔬菜也会很困难。