建设单位被施工单位控股不合法。建设单位与施工单位不能存在控股关系，根据建筑工程管理规定，建设单位与施工单位之间应当保持性和法人地位，不应存在控股关系。这是为了确保工程的公正性、公平性和质量安全。建设单位和施工单位应当各自按照职责履行各自的工作，并相互监督，以保证工程的质量和合规性。