职业病危害严重的建设项目的防护设施设计应该包括以下方面。1.确定职业病危害源：首先要对项目中可能存在的职业病危害源进行全面的调查和评估，包括化学物质、噪音、震动、粉尘等因素。2.选择合适的防护设施：根据职业病危害源的特点，选择适合的防护设施，比如在需要处理化学物质的区域设置化学品存储柜、通风系统和防化服装等；对于噪音和震动的防护，可以采用隔音墙、隔音设备和减震器等；针对粉尘危害，可以设置除尘设备、防尘口罩等。3.安全隔离设计：对危险区域进行明确的隔离和标识，确保工人能够正确识别危险区域，并采取必要的防护措施。4.定期维护和检查：防护设施应定期进行维护和检查，确保其正常工作和有效性。并及时修复或更换损坏或失效的设施。