房屋擅自加层将面临行政处罚，可采取改正措施消除影响，罚款百分之五至十；无法改正者限期拆除，没收实物或违法收入，罚款百分之十以下。拆除程序包括调查取证、立案告知、审核决定和强制执行阶段。依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条。法律分析；一、房屋建筑擅自加层如何进行行政处罚。1、房屋建筑擅自加层将面临以下行政处罚：尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，及时改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。2、法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》。第六十四条；