旗帜单位和红旗单位区别在于概念不同。旗帜单位指的是和国家机关工作部门、单位和财政部门下属各级预算单位的统称。这些单位通常使用国旗和党旗进行标识，因此被称为旗帜单位。红旗单位指的是在中国党的领导下，坚持、务实、规范、创新，先进性突出，成绩突出的一类先进单位。这些单位被认为是劳动模范和道德楷模，往往有较高的社会影响力。红旗单位的评选和表彰由和地方党组织或部门组织选定或颁发。