发生医疗事故一般有三种方式处理：首先医患双方可以协商解决；双方无法协商的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请；双方当事人也可以直接向人民提起民事诉讼，请求法官判决。一、发生医疗事故赔偿纠纷怎么处理。发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，同时也可以直接向人民提起民事诉讼。双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。