法律分析。分居三年离婚是否要申请要根据离婚方式而定。如果双方是协议离婚，不需要申请，双方共同到民政部门办理离婚登记即可。如果是诉讼离婚，需要请求离婚的一方向提起离婚诉讼，由根据情况进行判决。法律规定双方因感情不和分居满两年的，经调解无效后，应当准予离婚。法律依据。《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚。(一)重婚或者与他人同居。(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员。(三)有、吸毒等恶习屡教不改。(四)因感情不和分居满二年。(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。