二手房已过户但房款未付清的处理：卖方可向提起诉讼要求买方承担违约责任，需提供证据证明款项未付清。违约金过低的处理：当事人可向申请适当提高违约金数额，以违约造成的损失为依据计算。买卖二手房时房主不配合过户的处理：可协商解决，如协商不成可向提起诉讼要求履行合同或解除合同，并要求赔偿。根据最高解释，出卖人应在约定期限内办理房屋所有权登记，否则应承担违约责任。法律分析；一、二手房已过户但房款未付清的怎么处理。在房产已过户房款未付清的情况下，房屋的产权已发生了转移。因此，卖方可以通过向提起诉讼要求买方承担违约责任来维护自己的权益。但要注意的是，卖方需要有足够的证据证明房屋款项确未付清。《民法典》第二百零九条。