二手房已过户未付清的处理方式是卖方可以通过向提起诉讼要求买方承担违约责任来维护自己的权益但要注意的是，卖方需要有足够的证明房屋款项确未付清。根据《民法总则》规定，财产所有权的取得，不得违反法律规定。按照合同或者其他合法方式取得财产的，财产所有权从财产交付时起转移，法律另有规定或者当事人另有约定的除外。