变造国家机关公文罪的处罚有两种情形：1、犯此罪，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金；2、情节严重者，犯此罪，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。法律分析；两种情形。变造国家机关公文罪的处罚有两种情形。1、犯此罪，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。2、犯此罪，如果情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。该罪的主体是满十六周岁的具有完全刑事责任能力的自然人。该罪的主观方面是故意。拓展延伸；变造国家机关公文罪既遂的刑罚判决方式有哪些。