农民工个人所得税的算法是根据个人每月收入额减除费用后的余额乘以适用的税率，而非居民个人的劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得则以每次收入额为应纳税所得额。法律依据是《中华人民共和国个人所得税法》第六条，根据不同类型的所得进行计算。法律分析；1、农民工的个人所得税的算法如下：应税额乘以所适用的税率，而应税额是个人每月的收入额减除费用五千元后的余额；而非居民个人的劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，则以每次收入额为应纳税所得额。2、法律依据；《中华人民共和国个人所得税法》第六条。应纳税所得额的计算。（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。