运输的办理流程如下：1、已在税务局办理税务登记证的个人，可以直接申请代开货物运输业专用。2、未在税务局办理税务登记证的个人，可以先申请办理临时税务登记，再申请代开货物运输业专用，不申请办理临时税务登记的，只能申请代开普通。运输费，开票税率11%，根据双方是否是一般纳税人的情况，开普通或者专用。管理的相关规定如下：1、项目填写齐全，全部联次一次填开，上、下联的内容和金额一致。2、字迹清楚，不得涂改。如填写有误，应另行开具专用，并在误填的专用上注明“误填作废”四字。如专用开具后因购货方不索取而成为废票的，也应按填写有误办理。