运输合同纠纷的管辖原则如下：当事人因为运输合同发生纠纷，可由运输始发地、目的地或者被告住所地人民管辖进行管辖。根据相关规定，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民管辖。运输合同纠纷的管辖原则。