1、性质方面，京东的自营旗舰店是生产厂家自己经营的旗舰店，而官方旗舰店的是经生产厂家官方认可的旗舰店；2、范围方面，自营店一般只有一个品牌，而旗舰店可以有很多家品牌；3、经营方面，自营店由总公司直接经营的，而旗舰店是官方认可的。