惠州百千万指挥部属于惠州市管。因为惠州市为惠州市的行政机构，统筹全市资源力量，负责推进“百千万工程”，指挥部下设县域经济、城镇建设、乡村振兴、要素保障、决策咨询5个专班，统筹开展党建引领敢为敢闯敢干敢首创示范等六大攻坚行动，所以惠州百千万指挥部属于惠州市管辖。