昌吉新车补贴在车管所领。根据百度地图显示，因为昌吉购买新车后需要到当地车管所进行车辆登记，登记后即可领取相应的新车补贴。昌吉车管所位于昌吉市051乡道与北外环路交叉口西侧，昌吉新车补贴可以在车管所领。