公司持股转让股权的税负是40%的原因是企业所得税和个人所得税综合下来得出的。持股平台为有限公司，在股权转让时，公司需要缴纳25%的企业所得税，再分红至自然人股东手上，另需要缴纳20%的个人所得税，综合下来税务达40%，税负比自然人直接持股要高很多。