小米9 SE搭载了最新的骁龙712移动平台，配备了6GB运行内存和GB机身存储，虽然在硬件配置上略低于小米9，但依然能够满足日常使用需求。此外，该手机的电池容量为3070mAh，虽然容量不大，但通过优化软件算法，仍然能够提供较为持久的续航能力。小米9 SE的相机配置也有所调整，主摄像头升级为4800万像素的索尼IMX586传感器，辅以500万像素的长焦摄像头和一颗500万像素的人像摄像头，拍摄效果与DxOMark得分107分的小米9相差无几。