1、性质不同：疾控中心职业病诊断机构属于公共卫生领域，主要负责职业病的预防、诊断和治疗，而工商局主要关注企业的合法性和经营行为是否符合法律法规。2、缺乏合作机制：疾控中心职业病诊断机构和工商局分别隶属于不同的部门，两者之间缺乏合作机制和沟通渠道。