绿色食品标志商标侵权案件的受理机关有工商行政管理部门和人民，在绿色食品标志受到侵害时，中国绿色食品发展中心、绿色食品委托机构可以根据自己的意愿，请求工商行政管理机关查处，也可直接向人民起诉，被许可使用绿色食品标志的企业也可参与上述请求。