内部绝缘系统有缺陷。通过查询组合互感器维修保养手册得知，该设备局放不合格的原因是内部绝缘系统有缺陷，会导致设备的运行不稳定和安全性下降，需要及时采取措施进行处理和维修。组合互感器是电力系统中的重要设备，用于测量电力系统中高电压变压器的电压和电流，局放测试是组合互感器安装前的必要测试之一。