查干湖地理位置为东经124°03′-124°34′，北纬45°09′-45°30′，地处吉林省西北部，位于内蒙古自治区、黑龙江省和吉林省的金三角地区，霍林河末端，同时是松花江、松花江南源、嫩江三江交汇处和东北平原、松嫩平原、科尔沁草原三原重叠处。查干湖属于吉林省西北部的前郭尔罗斯蒙古族自治县境内。