1、含义不同：搜索引擎优化是一种方式，利用搜索引擎的规则提高网站在有关搜索引擎内的自然排名；应用内优化是对应用程序内部的优化，包括内存管理、进程回收策略、对象内存策略等。2、方式不同：搜索引擎优化是通过分析搜索引擎的排名规律，了解各种搜索引擎怎样进行搜索、怎样抓取互联网页面、怎样确定特定关键词的搜索结果排名的技术；应用内优化是通过内存优化、进程回收策略、对象内存策略等方式对应用程序内部的优化。