1、办学规模与学科建设：扬州大学在办学规模、学科建设、综合排名上明显高于南通大学。扬州大学有较为完备的学科体系和较高的学术水平，在教育学、农学、化学、生物学等传统学科领域有突出优势。2、地理位置：南通大学位于南通市，地江三角洲地区，经济发展较快，为其提供有力的人才支持。而扬州大学位于江苏省扬州市，校园环境优美，文化氛围浓厚。3、特色与优势：南通大学以医学、教育学、文学、理学等为主要学科体系，注重培养学生的实践能力和创新精神。其传统优势学科是医学和教育学。扬州大学则在多个学科领域都有显著优势，如教育学、农学、化学、生物学等。