四牌楼校区是东南大学的主校区，位于南京市中心的玄武区四牌楼2号，校区东枕钟山，北临玄武湖，环境优美，已建有各类建筑61.85万平方米。在这里上课的研究生主要来自于化学化工学院，在入学后，需在导师指导下，制定初步的个人培养计划，并系统录入，后在选课时间登录选课系统选课。