火腿肠的肠衣使用的是动物肠衣，其中以猪肠衣和羊肠衣常见。猪肠衣具有很好的弹性和韧性，可容纳的填充物体积大，保持火腿肠的形状。使用猪肠衣是火腿肠制作的传统方法，许多消费者对猪肠衣制成的火腿肠有一定的偏好。羊肠衣细薄，弹性差，口感更加细腻，适合制作小型的火腿肠。