1、达到税收起征点：个人所得税的起征点是每月5000元，职工普惠金额超过2000元后，加上其他的收入，总收入超过税收起征点，就需要缴纳个人所得税，所以会超过2000元的职工普惠金额没有入账，是因为被扣除了个人所得税。2、公司内部规定：不同的公司有不同的规定和，是公司内部制定了超过2000元的职工普惠无法入账的规定，这种情况需要联系公司的人力资源部门或财务部门了解详细情况。