根据《劳动法》第五十条，工资应每月以货币形式支付给员工，不得任意克扣或拖欠。若工厂有此行为，员工可先与其协商，询问扣款原因。若无法达成共识，员工可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁。仲裁过程中，员工需提供劳动合同、工资单、考勤记录等证据，以证实工厂违规行为及其薪酬待遇、工作内容。劳动仲裁机构将根据实际情况和法律规定作裁决。