法藏的学术著作丰富多样，其中包括对《华严经》的深入研究，如《华严经探玄记》20卷，《华严经旨归》1卷，《华严义纲目》1卷，《华严策林》1卷，《华严一乘教义分齐章》（亦称《华严五教章》或《华严教分记》）4卷，《华严金狮子章》1卷，《华严经问答》2卷，《华严经义海百门》1卷，《华严游心法界记》1卷，《修华严奥旨妄尽还原观》1卷，《华严经普贤观行法门》1卷。此外，他还撰写了《密严经疏》4卷，《般若心经略疏》1卷，《入楞伽心玄义》1卷，《大乘起信论义记》5卷，《大乘起信论别论》1卷，《法界无差别论疏》1卷，《华严经传记》5卷等，这些作品充分展示了他在华严宗理论上的深厚造诣。