依照《劳动法》及《劳动合同法》，雇主有义务按照合约以及国家相关规定，按期且足额地支付劳动者报酬。在实施工资发放时，必须坚持按劳分配原则，实现同工同酬。当工厂以非正当理由来扣减员工薪水，例如未遵守合法章程、扣款理由不足等，便构成了对劳动者获得劳动报酬权益的侵害。面对此类问题，劳动者首先应尝试与工厂进行沟通协商，了解扣薪行为的合法性。若无法达成共识，可以向劳动监察部门投诉，或者提出劳动仲裁申请。劳动仲裁为解决劳动争议的必经程序，若对仲裁结果仍存异议，则可向人民提起诉讼。